A templomot 2006-ban teljes körűen restaurálták, majd feltárták és látogathatóvá tették az altemplomot is. 2010-ben pedig szenzációs leletként egy XIV. századi freskót, a Trónoló Madonnát tárta fel Derdák Éva restaurátor, a szentély mögötti gótikus falifülkék egyikében.
A szintén általa, 16 hónapon át restaurált oratórium – ami az egyházi építészetben a szentély emeleti részén az előkelőségeknek vagy a templom kegyurának fenntartott imaterem – a templom gótikus részében, a Jézus-szíve oltárt őrző kápolna felett található.
Bonfini, Mátyás krónikása művében említi ugyan a templomot: Mátyás megválasztásakor itt tartották a hálaadó misét, de arra nincs konkrét írott forrás, hogy maga Mátyás is megfordult volna itt. Azonban – tekintve, hogy ez volt a mindenkori főplébánia, és az udvari káplán az itteni plébános volt – valószínűsíthető, hogy gyakran látogatta a pesti oldalon álló templomot.
A templomtérből nagyon szűk csigalépcső vezet fel az oratóriumhoz, de biztosítottak minket, ez hogy nem az eredeti kialakítása, nehezen is tudjuk elképzelni, hogy egy megtermett férfi, ráadásul a díszesebb királyi öltözetében itt fel tudjon oldalazni. A templomnak amúgy számos ilyen szeglete van, ami az idők során alakult, újabb rá- és árépítlések, és stílusok jöttek, a török hódoltság idejében például egész egyszerűen dzsámivá alakították. A „Mátyás oratórium” elnevezést is a hagyomány őrizte meg, de a feltárt 15. századi falfestések is a reneszánsz korszakra nyúlnak vissza. A számos réteg alól előkerült rózsaszín és fehér festésű csillagboltozat és a okkersárga kávafestés mellett bemutatófelületeken megőrizték a régebbi felújítások során keletkezett díszítő festések egy-egy töredékét is. Többek között egy babérsoros kifestést és a Steindl Imre korából származó felújítás részleteit is láthatjuk.
Maga a megőrződött eredeti falfestés is nagy szó, hiszen ebből a 15-16. századi korszakból ilyen egységében is megmaradt falfelület in situ-ként Budapesten nem maradt meg máshol, és a Visegrádon vagy Pannonhalmán is régészeti leletként került csak elő, sokkal kisebb felületekben.
Viszont ami igazán izgalmassá és egyedivé teszi a teljes restaurálási folyamatot és a bemutatott termet, azok az előkerült, és megőrzött falfirkák és rajzok. Ezek között találunk minuscula és gótikus írással karcolt neveket, a mai tagek évszázadokkal ezelőtti változatát, de egészen alaposan kidolgozott skiccek is jól látszanak a surlófényben. Többek között egy kifeszített karú férfialak, feltehetően Krisztus a kereszten, vagy a Szentlelket megtestesítő galamforma is előkerült. Egy kisebb felületen pedig török kori, de latinbetűs (csak nagyon kalligrafikus) vöröskrétás írástöredéket is restauráltak.
A karcolatok egy része feltehetően olyan felületre került, ami előtt amúgy kárpit vagy fabútor állt (erre a festés is utal, de a részletekhez további kutatás szükséges), és feltehetően nem teljesen legálisan kerültek fel, még akkor sem, ha a vallási indíttatásból táplálkoztak, nem csak unatkozó nemesek karcolgatták fel őket. Azt se felejtsük el, hogy a korszakban az olvasni, de még inkább az írni tudás csak egy nagyon szűk, kiváltságos rétegnek volt a birtokában, leginkább az egyháziak, vagy a magas rangú, köztisztséget viselő főurak boldogultak a betűkkel.
Mivel az oratóriumnak nagyon jó az akusztikája – ezt egy minikoncert keretében nekünk is volt szerencsénk meghallgatni – a jövőben zenés fellépések során is biztos használatban lesz, illetve minden szerdán 14 órától a templomnéző tárlatvezetésen látogatható lesz. A nyári időszaktól pedig, a szükséges biztonsági felügyelet mellett egyéni látogatók is felkereshetik majd.
A templom további tervei között szerepel, hogy 2019 végére a két harangtorony teljesen új funkciót kapva az egyik legszebb panorámájú kilátóhellyé váljon. A déli, híd melletti toronyba lifttel juthatunk majd fel, több kiállító és kilátópontot is kialakítanak, majd a tetőzeten átvezető folyosón az északi toronyba ereszkedhetünk le.
